回到西州，李在古获悉龙栗婆准被送至龟兹不久，便被龟兹国王下令处死。
李在古认为龟兹国王之所以下令处死龙栗婆准，是报复自己歼灭他派出的援军之仇。
不管怎么说，李在古都认为龙栗婆准的死与自己有关，怒不可遏，真想直接率军灭了龟兹。
可是，皇命难违，他必须赶回长安。
数日之后，李在古风餐露宿，赶回到长安。
回到长安，他才知道李二已经到达洛阳，准备随军出征高句丽。
李二出征之前，命令刑部尚书张亮为平壤道行军大总管，领兵四万多将士，战舰五百余艘，自莱州渡海直指平壤。
同时，命令太子詹事兼左卫率李勣为辽东道行军大总管，领步骑六万及兰州、河州等胡族兵马直奔辽东，再与张亮合势，水陆并进。
此时，各路兵马已经云集幽州。
比李在古提前回来的郭孝恪知道李二去了洛阳，便将龙突骑支及其家人押送至洛阳，听候发落。
李二既然不在长安，李在古唯有向留在长安监国的太子李治复命。
李治知道李在古回到长安，亲自到城门迎接。
李治执着李在古的手，将其领到东宫。
李治对李在古表现出的恭敬，令到很多臣民侧目。
因为很多人不知道，李治之所以能够被立为太子，李在古帮了不少忙。
李治深深知道，若没有李在古帮忙，自己恐怕不能坐上太子之位。即使最后能够坐上太子之位，也不可能如此容易。
因此，李治当李在古是自己人。
尽管李在古不想依附哪一派系，但很多人都已经将他当成了太子的一派。
来到东宫，李治拿出一道敕旨交给李在古。
这道敕旨是李二离开长安之前给李治，让他交给李在古的。
敕旨的内容，说的是要李在古留守长安，协助太子李治监国。
这说明，李二对李在古还是特别信任的。
有李在古这样的人协助李治监国，李二才能没有后顾之忧，放心征讨高句丽。
由于这次李在古讨伐焉耆过于容易，李二没有对李在古进行封赏，只是给了口头赞赏。